Chránená krajinná oblasť Ponitrie je súčasťou sústavy chránených území členských krajín Európskej únie NATURA 2000. Bola do nej zaradená vzhľadom na bohatý výskyt biotopov a druhov európskeho významu. Platí v nej druhý stupeň ochrany, pričom prírodné rezervácie, pamiatky a chránené areály majú až stupeň ochrany číslo 5. Mnohí to však nerešpektujú.